在这种担心的背后还有更深层次忧虑。那些凭借着自己的能力或者占据先机当上领导的穿越众们，会不会因为土著干部“有用”，自己“无用”就把他们摈弃掉？这是很多人非常关注的一个问题。
第三是机构设置上的改革。照马甲看来，穿越集团目前的政体结构有很大的弊病。关键在于行政机构和权力机构没有分开。所谓的执委会体制只有行政机构，行政机构的领导不仅负责具体行政事务，还决定大政方针，实际上是集权原则下的首长负责制。广大穿越众号称是元老，享有参政议政的权力，实则完全被排斥在决策之外。
法学俱乐部的人认为，这种体制虽然在早期有效率高的特点，但是从决策的科学性和权力制衡的角度来说是不合适的。在这样的体制下，权力过于集中，容易产生独裁和腐败的倾向。
