降谷零成为了组织的波本，继续追查后发现他们共同的朋友诸伏景光因为卧底身份暴露被清理，然后是发现降谷零在为他扫墓时旁边增加的两座墓碑。
松田家之墓。
他的眼前发黑、头晕目眩、心头泣血。死去了七年的萩原研一在芝华士的身体中发出哀鸣。
他浑浑噩噩地回到了安全屋，心中的爱与恨从此不见天日。
如果不是那个炸弹犯已经被死无全尸，芝华士一定会让他尝尝组织的手段。
但现在一切都没有意义了。他想，既然降谷想要这个组织毁灭，那就毁掉吧。
他没脸再见曾经的朋友，但是帮助唯一的、仅剩的朋友达成心愿还是可以的。
直到他在暗中帮助降谷零和追踪雪莉时发现了组织的目的。
时间倒转、死而复生，萩原研一和组织的目标达成了统一。
芝华士开始着手于研究所，他在朗姆面前玩弄手腕，在组织危急存亡之秋将研究所的管理权收入囊中，让一把手有更多的精力去对付各方势力。
黑衣组织的情报通过各种渠道流入降谷零手中。
他只是想救回他的爱人和朋友，并没有忘记诸伏景光的仇恨。
研究成功的时候，他压下了汇报，各方势力朝着黑衣组织发起了总攻。
曾经和贝尔摩德学过的易容术派上了用场，他带着研究成果离开，又是一场爆炸毁掉了一切痕迹。
然后得知他在那场红与黑的决战中失去了最后一位友人。
只剩下他一个了。
但是，他看着面前的屏幕，开口道：“启动系统。”
一切都会从月7号那一天改写。
他洗掉了这个世界的自己所有和组织有关的记忆，将未来的片段交给他，尝试着用这种方法去拯救他们的未来。
死而复生、时间倒转，他有足够的时间一次次去尝试，直到系统收集到足够的资料，从后向前摧毁掉这条时间线，带回属于他自己的亲友们。
他们以后还有无数的时光。
